李穆 , 程志远 , 石莹 , 何平 , 王先宏 , 何丽莲 , 李富生

云南农业大学甘蔗研究所, 昆明, 650201
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2015 年, 第 13卷, 第 15 篇   doi: 10.13271/j.mpb.013.000355
收稿日期: 2014年07月03日    接受日期: 2014年08月18日    发表日期: 2014年09月18日

这是一篇《分子植物育种》印刷版的数字优先出版(Online Publishing in Advance)论文，如果需要下载阅读全文，请您订阅。

本研究基于RNA-Seq技术建立了一个由3个甘蔗原始亲本和8个不同来源的甘蔗栽培品种/系构成的甘蔗参考转录组，并进行生物信息学相关分析。研究结果表明：对供试材料+1叶RNA混合样本进行转录组测序，可组装出98 945条Contig，从中找到5 806个SSR位点，其中三核苷酸重复最多、六核苷酸重复最少，CCG/CGG出现的频率最高。进一步处理Contig获得75 656条Unigene，将所有的Unigene与Nr数据库、Swiss-Prot数据库、KEGG数据库和COG数据库进行Blast，有53 951条Unigene得到注释。在Nr和KEGG注释结果基础上，对Unigene进行GO和KEGG功能分类，分别获得44个功能小组和123个Pathway注释。研究结果可为研究甘蔗在不同时空条件下的差异基因表达奠定基础。

甘蔗；RNA-Seq；参考转录组；Unigene；SSR